بقعه میرزا رفیعا نائینی قبلاً در داخل تکیه ای به نام تکیه میرزا رفیعا قرار داشته که در زمان احداث نخستین فرودگاه در اصفهان تمامی تکیه به جز بقعه موجود، تخریب و تسطیح و جزو عرصه فرودگاه قرار گرفته است.
این تکیه و بقعه در منتهی الیه حد جنوبی تخت فولاد و در مجاورت جنوب خیابان سعادت آباد و فعلاً در محوطه فرودگاه قدیمی قرار دارد. این بقعه مدفن حکیم بزرگوار و فیلسوف عظیم الشان میرزارفیع الدین طباطبائی نائینی (م: ۱۰۸۲ق) و صاحب تألیفات بسیار است که به دستور شاه سلیمان صفوی بر روی قبر آن حکیم بزرگوار ساخته شده است.
معماری بقعه عبارت است از بنائی با نقشه هشت ترک منظم و ابعاد ۷۵/۳ متر و به فاصله یک متر از اضلاع هشتگانه، هشت ستون بنا گردیده است. مساحت زیر بنا تقریباً ۱۲۰ متر مربع و شامل هشت جرز خارجی است که با هشت جرز داخلی و دهانه های دور تشکیل رواق مانندی را می دهند که در دهانه شمال شرقی به خاطر وجود صورت قبر و دهانه شرقی به خاطر عبور پله طبقه بالا این رواق قطع شده است. بر روی رواق مذکور و دهانه های هشت گانه بنا نیم طبقه ای وجود دارد که به وسیله کلیل احداث شده و پله ارتباطی به بام بنا بر روی پله زیرین در این نیم طبقه تعبیه گردیده است.
گنبد بقعه دوپوش است که پوش خارجی آن ناری شکل به ارتفاع تقریبی۱۵ متر مزین به کاشیکاری معرق بسیار زیبا با گریو متناسب به ارتفاع حدود ۳ متر است. کاشیکاری گنبد با طرح گره و با نقش (نه و ده و پنج گنبد و طبل) بر زمینه کاشی سفید و گریو گنبد که به خط بنائی مشکی بر زمینه آجری آیت الکرسی با شروع (قال الله تبارک و تعالی) و قسمت آخر کتیبه به عبارت (صدق الله العظیم و صدق رسوله النبی الکریم و نحن علی ذالک من الشاهدین و الشاکرین و الحمدالله رب العالمین) نگاشته است و کتیبه دوم گریو که در زیر کتیبه اول قرار گرفته به خط بنائی سه رگی (فیروزه ای محاط در دورگ لاجوردی ) بر زمینه آجری شامل اسماءالله پشت بقعه است. شامل (یا برهان- یا غفران- یا سبحان- یا دیان- یا سلطان- یا حنان- یا منان- یا رضوان) و جاهای خالی میان اسماءالله را با کلمات «یاعلی»، «الحمدالله» و «یامحمد» به خط بنایی از کاشی لاجوردی بر زمینه آجر تزیین شده است (مشاهدات شخصی نویسنده).
پوش زیرین گنبد نیز عبارت است از چشمه طاقی با تزئینات شمسه ای زیبا که با قطاربندی شده و تزئینات داخلی بقعه را تشکیل می دهد. همچنین هر یک از دهانه های هشت گانه نمای خارجی بنا با ارتفاعی خوش تناسب و کشیده که به وسیله یک طاق کلیل زیبا دو قسمت شده و پشت بغلهای فوقانی آنها کاشیکاری معرق و با نقش گره هشت و طبل و ذکر الله اکبر و محمد و علی بر زمینه سفید تزئین گردیده است.
به نظر می رسد به غیر از یکی از دهانه ها که به عنوان ورودی بقعه بوده و یک دهانه که در مقابل راه پله است، بقیه دهانه ها بوسیله آجر و کاشی به صورت مشبک بسیار زیبا بسته بوده است. کرسی این بقعه نیز نسبت به اطراف حدود ۳۰ سانتیمتر است.
در مجموع بنای این بقعه یکی از آثار بی نظیر معماری ایرانی اسلامی مربوط به زمان صفویه است که در سال ۱۳۳۷ش سازه و تزئینات آن مرمت و اصالت معماری بنا حفظ گردیده است.
در مورد مدفونین در این تکیه شرح مفصلی در کتب «سیری در تاریخ تخت فولاد اصفهان» سید مصلح الدین مهدوی «تاریخ اصفهان مجلد ابنیه و عمارات» جلال الدین همایی وجود دارد.
