میرزا مهدی ان مستشار خاقان؛ فرزند میرزا علی محمد منشی باشی نائینی و نوادة میرزا محمدسعید کوچک است. پدرش در جوانی از نائین مهاجرت نمود و در اوایل به منشی گری حکومت همدان و سایر شهرهای غربی و سپس به وزارت حکام گیلان و اصفهان رسیده است. میرزا مهدی خان از مادر همدانی خود در آنجا متولد شد و پس از کسب تحصیلات آن روز در کنار پدر تحصیلات و اصول منشی گری و ترسل و حسن خط را آموخت و در این فنون سرآمد هم کاران شده و به سمت منشی گری میرزا علی اصغر اتابک اعظم برقرار شد. اتابک اعظم وی را که شخصی اصیل و پاکدامن می بیند، منشی باشی مخصوص خودش می کند و در سلطنت ناصرالدین شاه، میرزا مهدی منشی باشی لقب «خانی» و فرمان آن را از طرف شاه دریافت می کند.
در زمانی که اتابک امین السلطان حکمران رشت و مازندران و غیره بوده، میرزا مهدی خان هم همراه او بوده است. در زمان صدرات امین السلطان در اواخر حکومت ناصرالدین شاه، میرزا مهدی خان ملقب به «مستشار خاقان» می شود.
میرزا مهدی خان در زمان مظفرالدین شاه محل رجوع عام ارباب رجوع بوده است. در زمان رضاخان نیز به دلیل آشنایی قبلی با وی از طرف رضاخان، هم ردیف سرهنگ، وارد قسمت دفتری وزارت جنگ شد؛ ولی به دلیل مشکل چشمی که پیدا کرد از کار بازنشسته می شود.
وی سالهای آخر عمر را در اصفهان سپری نمود و در رمضان1360ق/ شهریور1320ش فوت و در تکیة آباده ای به خاک سپرده شد.
